No orçamento de 2014, a educação foi o segundo maior investimento da Prefeitura de São José dos Campos. Do bolo previsto de quase R$ 2,2 bilhões, cerca de 23% foram alocados nessa área. Somente o setor de saúde recebeu uma verba maior, correspondendo a aproximadamente 26% do total aplicado na cidade. À frente da gestão dos investimentos, a Secretaria de Educação de São José dos Campos atua em cinco níveis de ensino: educação infantil (pré-escolas e creches), ensino fundamental, educação de jovens e adultos (EJA), educação especial e orientação educacional. Já o governo estadual responsabiliza-se pelo orçamento do ensino fundamental e médio e as respectivas modalidades de ensino das redes de sua dependência administrativa. 

No caso do município, a receita para os investimentos vem quatro fontes, sendo a primeira delas o Fundo de Desenvolvimento da Educação Básica e de Valorização dos Profissionais da Educação (Fundeb). Desde 2007, o Fundeb ampliou o financiamento para toda a educação básica e substituiu o chamado Fundo de Manutenção e Desenvolvimento do Ensino Fundamental e de Valorização do Magistério (Fundef), que bancava apenas o ensino fundamental. A segunda origem de recursos é o Programa Nacional de Apoio ao Transporte Escolar (PNATE). Já o Programa Nacional de Alimentação Escolar (PNAE), garante, por meio da transferência de recursos financeiros, a alimentação escolar dos alunos de toda a educação básica, matriculados em escolas públicas e filantrópicas. O valor é repassado pela União ao estado e município. 

O Programa Dinheiro Direto na Escola (PDDE), criado em 1995, fecha o quarteto. A finalidade do programa é prestar assistência financeira, em caráter suplementar, às escolas públicas de educação básica das redes estaduais e municipais e às escolas privadas de educação especial, mantidas por entidades sem fins lucrativos. Nesse último caso, elas são registradas no Conselho Nacional de Assistência Social (CNAS) como beneficentes de assistência social. Outras entidades similares de atendimento direto e gratuito ao público também recebem financiamento do PDDE. 

Os recursos são apenas uma parte que explica o sucesso de São José dos Campos na área de educação. Os programas municipais dão o tom do desenvolvimento. É o caso do Escola Interativa, previsto para ser estendido para todas as escolas da rede municipal até 2016. Em 2014, ele já abrangia 100 salas de aula interativas, com quase 5,5 mil estudantes, do primeiro ao nono ano. Com ele, cada sala de aula integrada deve ser equipada com recursos tecnológicos, incluindo servidor, notebook do professor e tablet do aluno. Um projetor interativo, integrado com os demais equipamentos, e o conteúdo virtual obtido por meio de acesso à internet (rede sem fio com tecnologia Wi-Fi) fecham a estrutura do Escola Interativa. 

Em tempos de conectividade, a presença do tablet por aluno é um dos destaques do programa. Exclusivos para uso pedagógico, os dispositivos são monitorados pelo professor em sala de aula. Se for necessário, eles podem ser bloqueados e inutilizados no caso de furto ou roubo do equipamento, sendo que o desbloqueio só é possível por meio da Secretaria de Educação. Antes de os alunos receberem o tablet, os pais devem integrar-se ao programa, participando de reuniões na escola. Lá, esses assistem à apresentação do programa, conhecem as regras de utilização e têm informações sobre questões éticas envolvendo a internet. Uma das metas do programa, de acordo com a Secretaria de Educação do município, é ampliar a participação dos pais na vida escolar dos filhos.

O programa deve ser estendido às escolas de educação infantil, mas com um formato diferenciado: cada uma das 67 unidades da rede direta vai receber uma sala interativa e 30 tablets, mas os aparelhos permanecem nas instituições. A sala interativa vai armazenar os dispositivos que serão usados em atividades de literatura, música e outras. 

De acordo com a Secretaria de Educação, outra frente de investimento é o Todos para Creche – Creche para Todos. Além da meta de melhorar a qualidade de ensino desde os primeiros anos, a iniciativa quer dar mais oportunidades de trabalho às mães do município. A ampliação da rede de ensino envolveu 3, 2 mil novas vagas em 2014, com a construção de creches no município. O projeto prevê ainda a adoção de um novo design para as unidades de atendimento infantil, em projeto com a Secretaria de Obras. A mudança envolve a modernizando da infraestrutura física das creches.

As novas creches têm 2,4 mil m², com capacidade para atender até 400 alunos. O investimento total será de cerca de R$ 71 milhões (R$ 7,9 milhões por unidade). Somadas todas as unidades em andamento e as novas creches de modelo padrão, a prefeitura deve criar 4.360 novas vagas, aproximando-se da meta de “zerar” a fila de espera por atendimento em creches na cidade, o qual totalizaria cerca de 5 mil crianças.

A inclusão também acontece de outras formas em SJC. As iniciativas de atendimento aos alunos com necessidades especiais incluem o desenvolvimento de salas de recursos, laboratórios de aprendizagem, classes especiais e o programa Decolar. As salas de recursos envolvem atividades conduzidas por professores especializados em educação especial. São ambientes adequados às necessidades educacionais decorrentes de deficiência mental, física, auditiva, visual ou transtorno global de desenvolvimento. No local existem, por exemplo, mobiliário, material didático e equipamentos específicos. Algumas delas contam com professores intérpretes, máquinas braille e lupas eletrônicas. 

Já os laboratórios de aprendizagem possuem ambientes que oferecem serviço de natureza pedagógica, conduzido por professor psicopedagogo, para complementar o atendimento educacional aos alunos com dificuldades circunstanciais de aprendizagem no ensino fundamental. Nas classes especiais, por sua vez, são oferecidos serviços pedagógicos aos alunos que apresentam necessidades educacionais especiais decorrentes de deficiência física ou múltipla, que precisam de acompanhamento contínuo e exijam adaptações curriculares significativas que a classe comum não consiga prover. 

O programa Decolar, que fecha esse rol de ações, é um centro, onde são desenvolvidas atividades suplementares no período diferente do das aulas normais. Um dos destaques da cidade é a Escola Municipal de Ensino Fundamental (EMEF) Professora Maria Aparecida Santos Ronconi, bilíngue pelo ensino da linguagem de Libras e que ampliou de 12 para 20 estudantes em 2013.